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发酵温度过低或过高，影响乳酸菌的活性和生长。一般来说，苹乳发酵的最佳温度范围是18-22°C，低于15°C或高于25°C都会抑制乳酸菌的活力。
发酵时间过短或过长，影响乳酸菌的消耗和存活。一般来说，苹乳发酵的最佳时间范围是2-4周，过短会导致苹果酸未完全转化，过长会导致乳酸菌过度消耗其他营养物质，产生不良风味或感染其他微生物。
发酵条件不适宜，影响乳酸菌的适应和稳定。例如，葡萄酒中的pH值、硫代硫酸盐（SO2）含量、乙醇含量、氧气含量等都会对乳酸菌产生影响。一般来说，苹乳发酵的最佳pH值范围是3.2-3.6，SO2含量不超过50 mg/L，乙醇含量不超过14%，氧气含量适当控制在0.5-1 mg/L。
发酵菌株不合适，影响乳酸菌的效率和品质。不同的乳酸菌株对不同的葡萄品种和葡萄酒风格有不同的适应性和表现力。选择合适的乳酸菌株可以提高苹乳发酵的成功率和质量。
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