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以薏苡的F2群体为材料，利用RFLP，SSR和AFLP标记构建了一个薏苡遗传连锁图。该图谱覆盖了薏苡全基因组，包括183个分子标记，全长1568.8cM，平均间距17.63cM。利用共同的分子标记，对薏苡和玉米基因组的比较表明，RFLP分子标记在玉米和薏苡中存在明显的同线性。玉米第3染色体的rz244、umc255和umc17均被定位于薏苡第4连锁群，但是umc255和umc17在薏苡中发生了倒位。薏苡第5连锁群的csu155和csu60在玉米上的位置均为第6染色体。利用分子标记序列的信息与水稻全基因组序列的比对结果表明，90%的分子标记序列在薏苡中是单拷贝。这些结果表明：薏苡和玉米具有共同的起源，在玉米的进化过程中，薏苡可能起到了重要的作用。利用复合区间作图法分别检测到19个茎粗QTL、5个株高QTL、15个雄穗长QTL、5个叶长QTQTL和8个叶宽QTL共52个QTL。这些QTL所能解释的表型变异变化在14.06%-56.14%。在薏苡第1连锁群和第8连锁群上存在QTL富集区域。薏苡和玉米株高QTL可能存在一定的对应关系，暗示薏苡和玉米农艺性状的QTL可能具有共同的起源。
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